Probá reemplazar el bloque Directory con estas instrucciones, reiniciá Apache y avisame:
<Directory "/usr/local/proyectos/preinscripcion/src/siu/www/">
Options FollowSymLinks
DirectoryIndex index.php
<IfModule !mod_authz_core.c>
Order allow,deny
Allow from all
</IfModule>
<IfModule mod_authz_core.c>
Require all granted
</IfModule>
include /usr/local/proyectos/preinscripcion/instalacion/rewrite.conf
</Directory>
No Germán, la documentación está bien. Si miramos los requisitos para la instalación de Preinscripción, se especifica Apache 2.2.x, y ustedes tienen Apache 2.4.x, de ahí el cambio que les pasamos. La próxima versión de Preinscripción vendrá con la nueva configuración de Directory preparada para Apache 2.4, y la documentación de requisitos estará actualizada en consecuencia.