En alguna ocasión me ha sucedido que los comandos administrativos de toba no tomaban bien las variables de entorno ejecutándolos en algún proyecto, pero esto se solucionaba abriendo una nueva consola o cargando nuevamente el entorno toba, nunca se prolongó por tanto tiempo.
Por el momento con el ajuste que hicieron les va a funcionar, pero en un futuro estaría bueno ver porque no está tomando correctamente el valor de la variable de entorno.
Luego de la sincronización inicial les sigue apareciendo el mismo error en Diaguita?