Hola Paola,
Efectivamente como te respondió Nico en el GDS, si la base esta en 3.0 es que el sistema se actualizo bien. El instalador trabaja con transacciones y si hay un problema en el medio de la instalación la base no se actualiza y vuelve al estado original. Es por eso que podemos asegurarte que la base quedo bien actualizada.
Al quedar la pantalla en blanco por algún motivo solo falto que se visualice la pantalla donde decía que tenias que agregar el link simbólico de la Liberia xlib. Te podes quedar tranquila que el sistema se actualizo bien.
Con respecto al error
PHP Strict Standards: Non-static method toba::logger() should not be called statically in /var/hacienda/mapuche/toba/php/nucleo/lib/toba_proyecto_db.php on line 295, referer: http://192.168.25.198/i_mapuche_3.0.2/index.php?accion=actualizar&paso=4
Viene debido a como maneja toba los métodos y que en la versión de php, si bien los permite, ya no se manejan mas de esa forma. No es un error sino que es una advertencia, estos tipos de advertencias ya no deberían salir cuando cambiemos de versión de toba.
Saludos
Poli