Hola Iris,
de la documentacion de la libreria CodeMirror saco que se pueden manipular pasandole un objeto al constructor con el valor null para ScrollbarsStyle, el tema es que Toba esta mandando ese objeto como algo fijo que esta en ei_codigo.js, por lo que a fines practicos no lo podes cambiar sin cambiar ese archivo.
En cuanto a la edición de código con el toba_editor, no se extiende más allá de la pantalla, sino que tiene una barra de scroll lateral y otra inferior. Pero el alto es muy superior a las 8 líneas que me salen en mi ei_codigo...Esto es lo extraño, deberia comportarse de la misma manera, por eso te decia que tiene que ser algo relacionado al contenedor si es que en el ei_codigo ya le pusiste alto fijo. Yo lo que intentaria es ponerle alto fijo tanto al ci, como al ei_codigo, no porcentual.. sino en em's.
Saludos