Buenos días, no es complicado pasar de la versión 3.11 a la 3.12 deberías seguir un par de pasos que se detallan en el siguiente link, dependiendo de si vas a actualizar en desarrollo o producción.
http://documentacion.siu.edu.ar/wiki/SIU-Guarani/Version3.12.0/instalacion_actualizacion_gestion
Espero te sirva, cualquier cosa volve a consultarnos.
Saludos.