Hola Diego, buenas tardes!.
Te comento que el problema que tenés, es muy probable que se deba a que en el php.ini, la variable “max_input_vars” tenga un valor muy bajo, esto causa que cuando hay tramites muy pesados como el que mencionás, la cantidad de parámetros enviados por la aplicación supera a la cantidad configurada en el php.ini.
Te recomiendo que le pegues una mirada al post:
http://foro.comunidad.siu.edu.ar/index.php?topic=12186.msg52912
Ahi comentamos los nuevos requerimientos que agregamos a partir de SIU-Diaguita 2.4.0, y justamente uno de los parámetros controlados es el “max_input_vars” . Luego de configurar este valor a lo indicado, reinicien el apache y vuelvan a probar.
Saludos!
Fernando.