Hola Oscar,
Lo ideal seria que agregues la carpeta “vendor” al ignore-list, de forma que no te suba nada de alli dentro ya que de cualquier forma se instala/actualiza via composer, el resto lo seguis manejando como venias antes ya que son todos archivos del proyecto, inclusive los “composer.X”
Por otro lado cada vez que creo un proyecto a través de composer puede traerme una versión más actualizada de Toba. Me conviene entonces guardar los metadatos de Toba en la bbdd del proyecto (antes la guardábamos en una bbdd "toba_nn_mm" ) ?
Que al crear un proyecto de cero te traiga una version mas actualizada no tiene nada de malo, de hecho la idea es que la actualizacion via composer sea mas sencilla y por ello esten siempre sobre la ultima version con las librerias mas actualizadas.
Como cambia el rol de Toba (que pasa a ser mas una libreria para el proyecto), ahora cada proyecto puede ser un paquete autocontenido. Podes tenerlo dentro de la misma base o en una externa, todo depende de como lo gestiones.
Lo que si es mucho mas complicado ahora, es tener varios proyectos dentro de una misma “instancia”, ya que ahora vas a tener la carpeta “instalacion” contenida dentro de cada proyecto… con configuracion de instancia distinta, lo cual ante un descuido rompe seguro. No se si tu pregunta apuntaba a esto o a lo anterior.
Saludos