Instalacion toba 3.0.2

La verdad con esta nueva organización se me complicó un poco entender que es mejor, al igual que al resto por lo que leo en los foros, no me queda aún del todo claro como esquematizar las instalaciones tanto en directorios como en valores de variables como toba_instalacion , toba_instancia, nombre de base de datos, etc. para que al momento de hacer composer update no pisar nada de lo ya desarrollado. Tampoco me queda claro como sería la situación si tengo mas de un proyecto en desarrollo, tendria que duplicar base de datos toba?
Podrías esquematizarlo brevemente como para hacerme una idea? porque por ahi no se si cuando hablan de proyecto hacen referencia a Toba o al Desarrollo.
No se si me explico, no se de que manera llevar a cabo una instalación que al momento de hacer update no rompa los desarrollos (que pueden ser mas de uno en proceso).
Gracias.