El problema que tenía para mandar varios ips en la opción -Dhttp.nonProxyHosts tenía que ver con el caracter |. Hay que escaparlo con un back slash () y no poner comillas.
CATALINA_OPTS="-Xms2048m -Xmx6144m -XX:MaxPermSize=256m -Dsun.rmi.dgc.client.gcInterval=3600000 -Dsun.rmi.dgc.server.gcInterval=3600000 -Dfile.encoding=utf8 -DDI_HOME=\"$DI_HOME\" -Djava.awt.headless=true -Dhttp.proxyHost="proxy.fi.uba.ar" -Dhttp.proxyPort=8080 -Dhttp.nonProxyHosts=1xxx.xxx.xxx.xxx\|127.0.0.1\|localhost"