Es casi imposible que no veas un cambio en el proceso de instalación al modificar el archivo proyecto.ini de la manera que me estas diciendo. Tené en cuenta que el archivo que tenes que modificar es el que se encuentra en la carpeta en la que descomprimiste el instalador, no el que pertence a la instalación que estas actualizando.
¿Nos podrías mostrar qué dice el log del instalador?
Saludos.
Clara.