Hola Juan,
Te comento que para empezar nosotros distribuimos el SIU-Diaguita con metadatos compilados, por lo tanto modificar que no los utilice no repercute en la creación de perfiles funcionales.
Debido a que los mismos cuando los creas en diaguita deja un archivo en el directorio siguiente:
/diaguita/aplicacion/metadatos_compilados/gene/
al generarlos, los consume desde ahí por lo tanto para listar,editar, eliminar o crear debes hacerlo desde la aplicación en :
Administración => Usuarios =>Perfiles funcionales
Para personalizar los perfiles bajo ningún motivo requiere la edición de archivos que indicas.
Estamos en contacto.