Buen día Stella,
Una consulta, que versión de SIU-Mapuche poseen? Hay que tener en cuenta que la guía que indicó José es para la versión 3.3.x. Además, los archivos composer.json y arai.json para SIU-Mapuche no hace falta que uds los modifiquen ni cambien. No debería ser necesario, siempre y cuando estén en una versión soportada.
Saludos!