Buenos días, Diego.
En la migración tal como decís siempre van a estar en nulos los valores del campo grupo_equivalencia. Los grupos se arman cuando se están migrando los planes (modulo planes) ya que se necesita de los planes versiones destino y origen para poder armar la matriz donde se hace referencia en el grupo.
Esto se hace cuando se corre el siguiente script. 02_Modulos/30_Planes/02_Migracion/13_sga_equiv_grupos_actividades.sql
Espero sea de utilidad la info pasada.
Saludos.