¡Hola Fernando!
Por favor actualicen la base a la versión 2.9.4 y prueben los últimos scripts; se agregaron varios ajustes en la última versión.
http://documentacion.siu.edu.ar/wiki/SIU-Guarani/version3.14.0/migracion/desde_SIU-Guarani_2
No deben actualizar todo el sistema a la versión 2.9.4, basta con que sólo actualicen la base.