Buenos días Agustín, paso a contestarte tus dudas.
1 - Lo que tengas definido en ldap en guaraní no va poder ser utilizado en cuanto a los permisos. Cuando conectes el ldap a guaraní va a utilizarlo solo para autenticar y validar el usuario. Para el tema del perfil funcional o de datos que utiliza el usuario lo va ir a buscar a la base de guarani. Para que puedas hacer uso de esto, deberías entrar en la persona que queres asignarle un permiso y en la solapa Acceso al sistema podrás darle el/los perfil/es funcionales que desees asi como también el/los perfil/es de datos.
2 - Con respecto a toba_usuarios, si no utilizarías ldap tampoco usa la base de toba para autenticar los usuarios, sino que los mismos user y password están en la base negocio de guarani.
Espero se hayan despejado tus dudas.
Cualquier otra cosa no dudes en consultarnos.
Saludos.