Buenas tardes Ezequiel, creo q estás en lo correcto.
Deberías borrar antes los datos censales de la persona y también los de estas dos tablas:
DELETE FROM mdp_eleccion_institucion WHERE dato_censal IN (SELECT dato_censal FROM _temp_dc);
DELETE FROM mdp_eleccion_propuesta WHERE dato_censal IN (SELECT dato_censal FROM _temp_dc);
Fue un error en nuestros scripts no haberlos incluido en el archivo tal como mencionas.
Saludos.