Ya encontre el problema.
Cuando haces doble clik en el job Realizar Backup ? te abre una ventana de dialogo donde te indica el path donde irá a buscar el job.
Ese path debería quedarte de la siguiente forma:
${Internal.Job.Filename.Directory}/…/03_Comunes/Backup.kjb
Una vez cambies esto podes volver a correr el job pero parado en Realizar Backup.
Cámbialo y coméntanos si te anduvo.
Saludos.