Hola Solange,
Las opciones del select se cargan desde la función lista_comisiones de la clase src/siu/modelo/datos/db/docente.php, el orden de llamado es como sigue:
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Función info__comisiones_docente del archivo src/siu/modelo/transacciones/zona_comisiones.php.
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Función lista_comisiones del archivo src/siu/modelo/datos/db/docente.php.
Yo personalizaría esta ultima poniéndole otro nombre a la función, ej: lista_comisiones_pers. Y en el punto 1) donde se invoca le cambiaría para que llame a la personalizada. Esto lo digo ya que esta función (la del punto 1) se llama en varios lugares.
saludos.