Buenos días Alberto.
Como primer comentario quería mencionarte que para pasar entre versiones de guaraní no hace falta instalar de versión a versión sino que pueden hacerlo saltando directamente a la versión que quieran. Los scripts de actualizacion de la base de datos y los archivos del svn vienen preparados para que no haga falta hacer esto.
Con respecto al error quería preguntarte como llegaron a ese error? Les da cuando corren el comando ./guarani compilar_recursos o lo ven cuando están navegando con el 3w? ¿Tienen instalado en su entorno el php apache y postgres con los requisitos que mínimos que necesitan ?
http://documentacion.siu.edu.ar/wiki/SIU-Guarani/version3.16.0/instalacion_desde_cero/requisitos_previos/linux
Saludos.