Hola Mariano,
Te pediría que descomentes las lineas en instalacion/alias.conf (que quede como en instalacion/alias_template.conf ). Yo en mi instalación tengo Apache 2.4 y de esa forma me funciona bien.
Quedaría:
<Directory "/usr/local/proyectos/g3w3161/src/siu/www">
Options FollowSymLinks
DirectoryIndex index.php
<IfModule !mod_authz_core.c>
Order allow,deny
Allow from all
</IfModule>
<IfModule mod_authz_core.c>
Require all granted
</IfModule>
# si se está en apache 2.4 comentar las dos líneas anteriores y poner esto
# Require all granted
AddDefaultCharset ISO-8859-1
include /usr/local/proyectos/g3w3161/instalacion/rewrite.conf
</Directory>
Luego reinicias Apache (consola: sudo service apache2 restart).
¿Que versión de Apache tienen ustedes (consola: apache2 -v)?
saludos.