comisiones, horarios y aulas

¡Hola Franca!
Es probable que el sistema marque que hay superposición debido a que dicho espacio puede estar siendo usado por otra comisión para el otro período lectivo simultaneo. Lo que sucede es que al consultar la disponibilidad filtra por período lectivo, es decir, no muestra los espacios ocupados por las comisiones de los otros períodos.

Otra consulta sobre comisiones, cuál sería la diferencia de Inscripción habilitadas y Estado?

El estado define si una comisión se encuentra en estado activo, bajao pendiente de confirmación.
Por otro lado Inscripción habilitada indica solo si los alumnos podrán inscribirse a dicha comisión o no.
Los dos campos son considerados en la inscripcion a actividades. Para que la comisión este visible al alumno para poder inscribirse debe estar en estados Activo/Pendiente y con Inscripción Habilitada.

Documentación Comisiones

¡Saludos!