Hola Sandra,
Si puede estar trayendo algún inconveniente si Apache no sabe con que versión de PHP servir la pagina que le solicitas.
El otro tema son los archivos de configuracion, se sacan de distintos directorios asi que es mas complicado saber que esta usando.
Adjunto mis archivos de configuracion del php 5.6 y el archivo apache2.conf .Ese es el archivo minimo de Apache, si hay referencias a PHP (y alguna version puntual) tiene que estar en algun otro de los archivos de configuracion, igual te repito (mas aun con Ubuntu), la mejor forma de manejar instalacion/desinstalacion de PHP es via apt o dpkg... manualmente es mucho mas lento y engorroso de configurar.
Saludos