Hola Matias,
lo que se me ocurre es que el archivo que finalmente realiza el envio sea el que tenga el impune caracter maligno. Es claro que la generacion no es el problema, sino que aparece durante la descarga porque el browser interpreta que toda la salida luego de los headers forma parte del mismo archivo.
Hagamos una cosa, en los archivos CI que componen la operacion (inclusive las superclases) quita el delimitador final del archivo php.
Creo que son 3 CIs en total, una vez hecho eso proba de exportar… si persiste el inconveniente quizas no este en la operacion el problema sino en algun otro lugar mas profundo.
Saludos