Andrés,
presten atención a esta documentación para actualizar: http://documentacion.siu.edu.ar/wiki/SIU-Kolla/Version_4.3.0/actualizacion, probablemente no tengan bien configurado en el archivo instalador.env las variables que indican los paths de las distintas instalaciones.
Tengan presente que desde esta versión el instalador hace la actualización en una nueva carpeta, no en la que ya existe la instalación anterior.
Saludos.
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