Buenas tardes Facundo!
-Lo que primero te recomiendo es dejar el bases.ini tal cual lo tenias anteriormente y el archivo de instalador.env que de seguro vos modificaste, osea revertir cualquier cambio antes de la ejecución para generar el nuevo ejercicio.
Esta instalación te va a quedar como histórico ya en versión 3.5.6. con las bases 2019 hacia atrás. Te comento para que suceda esto vas a tener que clavar la fecha al ultimo día hábil de diciembre 2019 que hayan trabajado, ya que en el caso de realizar rectificaciones sobre este ejercicio se imputaran con esta fecha.
-Lo que yo te propongo es:
Agarrar esta base 2019 (ya cerrada y en versión 3.5.6) y llevarla a otro servidor (identico al que posees en producción) para realizar una instalación desde 0 de la misma versión, para luego solo modificar el bases.ini y dejarla apuntando al bkp de 2019 que pasaste. Con esto tendrías una instalación de producción 2019 con fecha del día.
Luego de esto recién podrás ejecutar lo indispensable para realizar tu migración a 2020 siguiendo la documentación que ya habías leído http://documentacion.siu.edu.ar/wiki/SIU-Pilaga/version3.5.0/migracion_de_datos#Generar_y_configurar_la_base_la_de_inicio_del_2020
Espero te sirva y puedas resolverlo sin inconvenientes.
Saludos!