Hola Sandra,
creo que el problema viene justamente por una conjuncion de cosas:
- La configuracion de los alias fue pensada para apache 2.2/2.3
- Vos estas usando Apache 2.4+
Hay dos posibles soluciones, una es activar mod_access_compat si lo tenes disponible, la otra es que actualices los alias manualmente para que Apache los tome como validos.
Fijate que los alias que tenes en proyectos con Toba 2.7 son distintos y tienen una seccion de configuracion diferenciada segun la version de Apache que se use.
Saludos