Hola Javier,
En la versión 3.0 se implementó esta forma de identificar a los usuarios en LDAP, mediante un UID autogenerado no predecible. En la migración, se corre el punto 3 de esta migración de datos. Este comando procesa de a un usuario por vez. Una vez que el usuario tiene un UID en la forma UUIDv4, no se procesa, con lo cual pueden correr este comando N veces hasta que arroje cero resultados procesados.
Una vez aseguren que en LDAP todos los usuarios tienen el UID correctamente generado, avanzamos en evaluar inconvenientes de acceso.