Roberto:
Antes que nada, no es que no se percataron, NO TENIAN manera de percatarse tal como relatas lo hechos.
Yo he tenido muchos problemas similares (pero por otros motivos) en una implementación algunos de los cuales aún subsisten sin reparar.
Pero a los que fui arreglando fue a través de SQL y paciencia, arreglando o eliminando los registros de las tablas involucradas, previo análisis para identificar que registros convenía conservar y cuales eliminar, viendo si tenía más datos como docente o como alumno., y decidiendo en función de eso cual registro de personas quedaba y cual se eliminaba, unificando finalmente todo bajo el mismo número de documento y por lo tanto de inscripción.
Conceptualmente, es eso, para las tablas involucradas deberás consultar con los informáticos y de memoria no te las puedo decir ya que no tengo acceso remoto para investigarlo.
Saludos
Gustavo