Probamos con la activación del trigger y por el momento no surgieron otros problemas con el cupo de comisiones.Por este mensaje, entendí que lo tenian desactivado al trigger por eso cuando cambiaban el cupo en la comision, no actualizaba el cupo en la tabla sga_comisiones_cupo que es el dato de esta tabla que se usa para controlar el cupo cuando se realizan las inscripciones.
Lo raro es que si funciona mal el control de cupo deberia funcionar mal para cualquier alumno que se quisiera inscribir a esa comision.