Hola a mi me paso lo mismo de llaves duplicadas y en mi caso me comento Mariano de Sarmiento que el error es porque tenia creados tipos de documentos desde el mpc
y el migrador de la versión 1.0.8 esta tratando de agregar uno con el mismo id
Por lo que me sugirió cambiar el id 36 en la tabla documentos_tipos por otro y volver a correr la migración.
A mi eso me anduvo, espero que le sirva a otro.
Saludos