Estás utilizando una base de datos de prueba entiendo, no? quizás quedó algún caracter erróneo en el json de la tabla de comprobantes cuando probaron en su oportunidad … De todas formas esto no te impide continuar con las pruebas, fijate de completar un circuito completo , con su facturación electrónica . que por lo que veo estaban usando por este tema de l alerta. Esa operación que mencionas permite detectar comprobantes generados por AFIP cuando existe algún error en la comunicación y haya quedado alguno inconsistente en SQ-Núcleo. Si el caso que reportas , la generación electrónica es reciente, recordás que sucedió , podemos ver como quedó grabado el comprobante. y analizar el caso.
Convendría actualizaran a la v2.0.x y seguir probando con la última versión.
saludos, Ana María