Buenos días!
Te esta faltando ejecutar el comando para la actualización de las bases que ya se encontraban cargadas en la versión anterior del sistema.
./bin/instalador pilaga:migrar-ejercicios-historico
Esta información la podes encontrar en nuestra documentación:
https://documentacion.siu.edu.ar/wiki/SIU-Pilaga/version3.8.0/historicos_ejercicios#Actualizar_ejercicio_hist.C3.B3rico
Espero te sirva, saludos!