Hola Nicolas,
es algo que sucede a veces al momento de enviar a guardar los metadatos como archivo php, es decir… la SQL recupera los datos en el orden correcto pero al armar el arreglo para generar el archivo php de alguna manera se “reordena”.
De todas maneras, al recuperar los metadatos compilados se hace un ordenamiento de los valores por el par (padre, orden) de forma que si toda operacion tiene especificado su orden dentro del menu, deberian salir siempre de la misma manera.
Revisaria eso por si acaso, quizas algunas operaciones/carpetas no esten con un orden explicito y eso hace que el sort de PHP las coloque distinto segun se levantan.
Saludos