Bienvenido Claudio,
Creo que tu caso puntual requiere que mires el archivo ubicado en toba_dir/instalacion/i__nombre_instancia/instancia.ini
Si miras dentro del archivo para cada proyecto existe un parametro “url” que tiene el formato:
[toba_editor]
url = /toba_editor/trunk
En tu caso la linea esa deberia decir
[toba_editor]
url = /toba_editor_1.4/
Y asi con cada alias que hayas modificado. De todas maneras, me llama la atencion lo que decis del navegador, en algunos casos en los que he tenido problemas para poder acceder a los alias generalmente se trato de un problema de configuracion de apache y no de algo propio del navegador. Si podes mirarlo mejor, asi despues pueden tener varias versiones de toba instaladas y sin necesidad de tocar los alias cada vez que instalan una nueva.
Saludos
Richard