Hola Gustavo:
La verdad no tengo mucha idea sobre como es el proceso de sincronizacion entre las bases, no se si se realiza mediante archivo intermedio o si directamente existe un proceso que lee de una base de datos e impacta en la otra. En todo caso pareciera tener algo que ver con el charset, han probado si estos problemas se repiten con otros caracteres extendidos?.. digamos vocales acentuadas, algun simbolo, etc.
Saludos
Richard