Hola Juan,
Antes que nada gracias por los aportes.
Te comento que actualizamos la wiki para que refleje los últimos cambios:
http://documentacion.siu.edu.ar/wiki/SIU-Diaguita/version2.6.0/consideraciones_tecnicas#Anonimizar_la_Base_de_datos
Ahora ya cuenta con una versión actualizada, la forma de ejecutarlo es así:
. ./entorno_toba.env
toba proyecto anonimizar_base -p diaguita -i produccion
Se va a solicitar la contraseña del usuario de la BD, y el resultado del backup se guarda en el directorio temp/ del raíz del proyecto.
Comentanos si con esto último te funcionó bien.
Saludos,
Fernando.