Para mi no te conviene hacer eso, ya que si el día de mañana queres actualizar el G3W te va a pisar (sobrescribir) esos cambios que hiciste y lo vas a tener que volver a cambiar cada vez que actualices.
Lo que te recomiendo es que crees un alias http://www.networkredux.com/answers/dev-and-distros/centos/how-do-i-create-an-alias-in-centos:
ej:
alias yui-compressor='java -jar /usr/share/yui-compressor/yui-compressor.jar'
fíjate eso, saludos.