Hola Pablo, nosotros tuvimos un problema similar, y lo solucionamos creando reglas ( http://documentacion.siu.edu.ar/wiki/SIU-Guarani/Version3.11.0/personalizaciones/requisito_proceso).
Con estas reglas generamos requisitos (Requisitos->Administrar Requisitos), y a dichos requisitos los configuramos para diferentes puntos de control. Hay que fijarse en el código de la operación para ver que punto de control se controla en un momento dado, para configurar los requisitos adecuadamente.
En nuestro caso, por ejemplo, para el control de pagos en inscripción a examen, el requisito simplemente llama a una api de un sistema externo, que le devuelve el resultado si el alumno está habilitado a inscribirse en un examen o no.
Espero haber sido de ayuda.
Saludos.