En el caso de materias comunes, cuando un alumno realiza una materia en una carrera y se registra en un acta (cursda, examen, promocion) o tramite de equivalencia esta materia se registra en las otras carreras del alumno en donde se encuentre la materia en su plan. En este caso no esta considerando si el alumno es regular o no o su calidad.
Para examenes el procedure que hace esto es el sp_u_examen_equiv.
Ver: http://foro.comunidad.siu.edu.ar/index.php?topic=10189.msg44165
En el caso que no deseen aplicar automaticamente estas materias a un alumno que no sea regular, deberan modificar estos procesos para que cuando el alumno no es regular, no le registre la materia para esa carrera.