Hola Naty,
en tu caso lo que vas a tener que hacer es simular mediante codigo JS, la llamada que hace el cuadro en el ejemplo de toba_referencia. Por tanto, tu boton ‘Aplicar’ debera enviar la informacion a la ventana padre utilizando el mismo metodo que el cuadro. Puede que tengas que enviar algo de JS extra ya que te va a faltar el metodo quizas.
Saludos