Hola Jhon,
lo minimo que necesitarias seria algun driver que te permita hacer interfaz entre php y el lector de huellas, sin eso de plano estas estancado.
Teniendo eso, lo ideal seria disponer de alguna libreria para poder hacer uso de la funcionalidad o crear una en base al driver que tengas.
Con respecto a la aplicacion toba, supongo que esto lo necesitarias para la autenticacion, deberias crearte una subclase de toba_autenticacion_basica y luego asignarsela al manejador de sesiones en el contexto de ejecucion del proyecto. Dentro de dicha subclase, deberias identificar a la persona y devolver el usuario toba correspondiente, mucho mas que eso no te puedo decir.
No se si te es util lo que digo o si pensabas usar el lector de huellas con otro fin, alli quizas se simplifique un poco la forma de uso.
Saludos