Gracias por la respuesta, probe con lo que me decis y sigue sin funcionar
El usuario es el mismo que tenia la version 2.7 (internet)
Esto es lo que tira el log de apache
[Wed Feb 15 09:31:59 2017] [error] [client 10.1.65.65] File does not exist: /usr/local/proyectos/guarani2/3w/versiones/2.9.3/src/siu/www/favicon.ico
[Wed Feb 15 09:32:14 2017] [error] [client 10.1.65.65] File does not exist: /var/www/economica
[Wed Feb 15 09:32:14 2017] [error] [client 10.1.65.65] File does not exist: /var/www/favicon.ico
[Wed Feb 15 09:32:18 2017] [error] [client 10.1.65.65] File does not exist: /var/www/economica
[Wed Feb 15 09:32:24 2017] [error] [client 10.1.65.65] File does not exist: /usr/local/proyectos/guarani2/3w/versiones/2.9.3/src/siu/www/favicon.ico
[Wed Feb 15 09:32:37 2017] [error] [client 10.1.65.65] PHP Notice: Undefined offset: 1 in /usr/local/proyectos/guarani2/3w/versiones/2.9.3/src/siu/modelo/datos/db/parametro.php on line 208, referer: http://xxx.xxx.xxx.xxx/economicas/
root@g3w:/usr/local/proyectos/guarani2/3w/versiones/2.9.3# bin/guarani limpiar_cache
La cache se limpi� correctamente
Saludos