Hola Nicolás,
El JBOSS_HOME debe apuntar a: /usr/local/jboss-4.2.2.GA
En el log que me envias entre otras cosas dice que no encuentra el archivo:
/usr/local/jboss-4.2.2.GA/server/comdoc/conf/comdoc.properties
Verificá esto y lo de los path del jboss_init.sh y vemos que pasa. Volvé a adjuntar el server.log.
Saludos,
Eugenia