Hola Sebastian,
el segundo paso solamente es necesario en un servidor de produccion, en desarrollo no te agrega nada que puedas copiar a la otra maquina.
Ahi me me voy al servidor de producción y piso la carpeta de este con la que tengo local y luego hago toba proyecto regenerar -p XX -i desarrollo Ya lo habia ido actualizando a este proyecto como una 20 veces y de repente fallo.Si fallo, es porque habia dos archivos al menos con la misma informacion, ya sea que fuera por resultado de edicion (.bak) o por la copia, digamos.. no tenes forma vos en desarrollo de meter dos registros iguales en la bd (por la misma PK), por lo que el fallo ese en produccion necesariamente es producto de una repeticion, ya que no es un tema de permisos.. sino que es directamente el objeto el que esta repetido.
Te comento que de todos modos este proyecto estaba en 2.7.2 asi que para probar instale un 2.7.6 lo cargue ahi (lo mismo que acababa de llevar al servidor, o sea el proyecto) y salio andando. Esperemos que siga asi en la proxima actualizacion jaja. Generalmente no trabajo con versionado.Mas me cierra la posibilidad de que hubiera archivos con contenido repetido, claramente cuando copiaste de desarrollo a produccion quedo algo de la version anterior que en desarrollo se borro.. pero en produccion no, ya que incluso sobrescribiendo pisas los que coinciden de nombre ... pero no se borran los anteriores, siguen quedando sin sobreescribir. Tenes que empezar a usar un svn al menos, es la mejor forma de no volver a caer en estos problemas.
Saludos