Hola Christian,
los logos son imagenes comunes que se le solicitan a Apache, por lo que si ya pisaste los archivos deberias ver las nuevas imagenes.
Si estas viendo las anteriores, es probablemente porque el browser este sacando la referencia desde cache en lugar de ir a buscarlo al servidor, al menos en la maquina local, otra opcion es que dicho archivo este cacheado en el webserver o que exista algun proxy intermedio que te este devolviendo el contenido viejo… pero si pisaste los archivos, no hay vuelta que darle… deberias recibir ese contenido.
Saludos