Carlos,
en la extension JS donde ocultas el combo lo que podes hacer es pasarle un parametro a la funcion para que ademas de ocultar el combo resetee su estado, de esta manera no deberia llegarte valor cuando vayas a guardar. Te dejo un link a la documentacion http://desarrollos.siu.edu.ar/toba_editor_trunk/doc/api_js/ef.html#ocultar
Saludos
Richard