Hola,
En nuestro caso tenemos implementado el servidor de Base de Datos en una maquina, y el servidor de App en otra.
La recomendación que te doy, es separar la aplicación de la DB. En nuestro caso fue exitoso.
Además te comento, que en nuestra universidad las bases de datos del Pampa y del Pilaga, están en el mismo servidor, así como también están la del Wichi y otras de la universidad, todas en el mismo servidor sin ningún problema.
Lo que si, considero que seria necesario un servidor un poco mas grande para el de base de datos.
Es para recordar, que nuestra universidad es chica, pero creo que es comparable con la de ustedes.
Suerte con la implementación, y cualquier cosa nos comunicamos.