Hola Leandro!
Bien! en primera instancia, esos archivos .ldiff y .schema están pensados para que cada uno adopte la implementación que mejor se ajuste a su realidad. No se los condiciona. Respecto al inconveniente, deberías buscar a ver si al iniciar queda registro en logs del sistema (por ej. /var/log/syslog, depende de tu Linux en gral.). También el mismo openldap posee salida de logs que se lo puede habilitar, mas útil cuando está operativo.
Según tengo entendido, eso vuelve a ejecutar el wizard de configuración inicial. Desconozco si el reconfigurar del proceso levantaría una estructura pre-existente. Si ya estás reconfigurando, te convendría empezar en limpio y descartar cambios locales en la config (creo que todo se almacena en /etc/ldap/slapd aunque puede ser distinto). Lo mejor de todo sería seguir algún tutorial o libro ya que varía un poco de distro en distro…
Y es cuestión de gustos… no se ve muy activo ese cliente. Nosotros utilizamos este cliente desktop, muy bueno y estable. Lo único, es que tenes que poder llegar al server desde tu PC.
Saludos!