Rodrigo,
Claro, lo que sucedió fue lo que te comenté. A veces durante el proceso de actualización + configuración adicional final el RewriteEngine puede desactivarse, lo cual bloquea el proceso de inicio y/o reseteo de Apache.
Para ello, te aconsejo que en vez de comentar los parámetros de API, para evitar otro tipo de conflictos, directamente corras el siguiente comando:
sudo a2enmod rewrite
Y luego pruebes reiniciar Apache y acceder finalmente a Kolla 4.0.0.
Probá este pequeño cambio y comentanos.
¡Saludos!
Marco
Equipo SIU-Kolla