Hola Gonzalo,
Lo que recomendamos desde el proyecto es que los perfiles se manejen en Producción. En ese caso, al exportarlos no forman parte de la carpeta metadatos, evitando problemas como el reportado. En este link, en la sección Configuraciones adicionales >> Manejo de perfiles, se especifica cómo configurar el sistema en tal sentido.
Saludos,
Fernando